Фамилия Пафунин — редкий гость в современных справочниках, и это делает её особенно интересной для того, кто носит это имя. Вопреки распространённому мнению, её происхождение не связано с каким-либо ремеслом или прозвищем, а уходит корнями в церковную традицию. В основе фамилии лежит крестильное имя Пафнутий, а точнее — его просторечная, обиходная форма Пафуня.

Имя Пафнутий имеет древнеегипетское происхождение и переводится как «принадлежащий богу». Это одно из тех имён, которые пришли в русскую культуру через византийскую традицию, но сохранили в себе отголосок ещё более древней цивилизации. Форма Пафуня возникла естественным путём: русский язык часто упрощал длинные и непривычные для слуха церковные имена, сокращая их до более коротких и удобных в быту. Так, из Пафнутия получился Пафуня, а от него — отчество, которое со временем закрепилось как фамилия.

Самый известный святой с этим именем — преподобный Пафнутий Боровский, умерший в 1478 году. Его биография примечательна: он был внуком татарина-баскака, принявшего христианство. Пафнутий основал монастырь в Боровске, где и почивают его мощи. Современники запомнили его как человека, отличавшегося милосердием к бедным и состраданием ко всем скорбящим. В 1540 году его причислили к лику святых. Именно эта личность чаще всего упоминается в связи с именем, однако стоит помнить, что имя Пафнутий носили и другие подвижники, поэтому напрямую связывать всех Пафуниных с Боровским монастырём было бы неверно.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского ономастикона: суффикс -ин указывает на принадлежность. Изначально Пафунин означало «сын Пафуни», то есть потомок человека, которого звали Пафуня. Такая модель была широко распространена в XVI–XVII веках, когда фамилии формировались от уменьшительных форм крестильных имён.

Точное место и время возникновения фамилии Пафунин установить сложно. Процесс становления русских фамилий был длительным и неравномерным: где-то они закрепились уже в XVI веке, а где-то окончательно оформились только к XIX. Можно предположить, что фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей, где просторечные формы имён использовались чаще, чем в дворянской среде, предпочитавшей полные варианты. Впрочем, и среди духовенства, где имя Пафнутий почиталось, подобные фамилии тоже могли появиться.

В написании фамилии встречается особенность: ударение может падать как на второй, так и на третий слог, что иногда приводит к путанице в документах. Также стоит отличать Пафуниных от созвучных фамилий, образованных от других основ, например, от имени Пафом (Пахом) или от прозвища, связанного с глаголом «пафунить» в некоторых говорах. Но основная, самая правдоподобная версия — происхождение от имени Пафуня.

Несмотря на редкость, фамилия Пафунин — это живое напоминание о том, как древнее египетское имя, пройдя через греческий и церковнославянский языки, прижилось в русской деревне и дало начало новой фамильной ветви.