Фамилия Пафунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пафунин послужило церковное имя Пафнутий. Фамилия Пафунин образована от крестильного мужского личного имени Пафнутий, которое в переводе с египетского языка означает «принадлежащий богу». В основу фамилии легла просторечная форма этого имени — Пафуня. Святым покровителем этого имени является Пафнутий Боровский — преподобный (умер в 1478 году), внук татарина-баскака, принявшего христианство. Он основал в Боровске монастырь, где почивают его мощи. Пафнутий отличался милосердием к бедным и сострадательностью ко всем скорбящим. В 1540 году он был причислен к лику святых. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пафуня, со временем получил фамилию Пафунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пафунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пафунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.