Фамилия Пакеджян — почти наверняка армянская, но с неочевидным корнем. В армянском языке нет слова «пакет» в значении «упаковка», поэтому привычное для русского уха созвучие здесь обманчиво. Основа фамилии восходит к тюркскому или персидскому слову «пак» (чистый, святой) — тот же корень, что в имени Пакистан («земля чистых»). Суффикс -джян — типичный армянский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок» (аналог русских -ов/-ев). Таким образом, Пакеджян — это «сын чистого» или «потомок святого человека».

Вероятнее всего, фамилию получил человек, которого в общине называли «Паке» — «чистый», «непорочный». Это могло быть прозвище священника, аскета, либо человека с безупречной репутацией. В армянской ономастике прозвища с корнем «пак» встречаются, хотя и не столь массово, как фамилии от профессий или географических названий.

Географически фамилия Пакеджян редка и в основном встречается среди армянской диаспоры. В самой Армении она почти не фиксируется, что типично для фамилий, сложившихся в среде западных армян (выходцев из Османской империи). После геноцида 1915 года носители такой фамилии могли оказаться в Сирии, Ливане, Франции, а затем и в Америке.

Отдельно стоит разобрать написание. Вариант «Пакеджян» — это русская транслитерация. В оригинале, армянской графике, фамилия пишется как Փաքեջյան, где первая буква «փ» (пюра) передаёт глухой придыхательный звук. В английской передаче обычно пишут Bakejian или Pakejian, что иногда создаёт путаницу: из-за схожести с английским «bake» (печь) фамилию ошибочно связывают с пекарским делом, но это ложная этимология.

Сравнение с однокоренными фамилиями: в армянском есть фамилия Пакян (без суффикса -дж) — она более прозрачна и означает просто «сын чистого». Пакеджян — её расширенная форма, где суффикс -дж- мог возникнуть из диалектного произношения или как вариант патронимической модели. В любом случае, главная ценность фамилии — в указании на личное качество предка, а не на его ремесло или место жительства.