Фамилия Пакенпаков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, можно реконструировать почти буквально. Это сложная фамилия, состоящая из двух корней: «пакен» и «пак». Первый из них — это, скорее всего, немецкое или голландское слово Packen (связка, тюк, кипа товара) или фамилия Packen. Второй корень — русское «пак» (тюк, свёрток) или диалектное «пакать» (бить, колотить, а в некоторых говорах — плотно укладывать). Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Пакенпаков.

Самая вероятная версия: Пакенпаков — это не крестьянская фамилия, а купеческая или мещанская, образованная от прозвища или профессионального имени Пакенпак. Так могли называть человека, который занимался упаковкой и перевозкой товаров — укладчика тюков, артельного грузчика или мелкого торговца, скупавшего товар «паками» (связками). В немецких колониях Поволжья или в портовых городах (Одесса, Рига, Петербург) такое прозвище могло возникнуть на стыке языков: немецкое Packen и русское «пак» слились в одно слово, а затем фамилия «обрусела» через суффиксацию.

Менее правдоподобная, но возможная версия — искусственное происхождение. В семинарской среде иногда создавали фамилии из библейских или латинских корней, но «Пакенпаков» не похож на латынь. Скорее, это пример прозвища, которое закрепилось за родом из-за характерной черты предка — например, он постоянно таскал с собой большие свёртки или торговал вразнос, связывая товар в паки.

Географически фамилия встречается единично. В дореволюционных метрических книгах и архивных записях Пакенпаковы почти не фиксируются — это говорит о малочисленности рода или о том, что фамилия могла быть утеряна при смене написания. Встречается вариант Пакенпаков (с ударением на второй или третий слог). В современной России носители редки, но известен случай бытования фамилии в среде потомков обрусевших немцев и в старообрядческих общинах Сибири, куда переселенцы привозили свои прозвища.

Таким образом, Пакенпаков — фамилия-гибрид, отражающая контакт русского и немецкого языков в сфере торговли и ремесла. Предок её носителя был, скорее всего, не крестьянином, а человеком «деловым» — укладчиком, перевозчиком или мелким торговцем, чьё дело было связано с тюками и связками товара.