Фамилия Паховцева — женская форма мужской фамилии Паховцев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Паховец. Сама модель на -овец встречается реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин, и указывает на принадлежность человека к определённой местности или группе. Суффикс -ец в русских фамилиях часто обозначал выходца из какого-то места (ср. Ростовец — из Ростова, Тамбовец — из Тамбова). Соответственно, Паховец — это человек, имеющий отношение к некоему «Пахову»: возможно, к селению с названием Пахово, Паховка или к урочищу Пахов луг. Такие топонимы в прошлом были нередки в центральной России, особенно в рязанских и тульских землях, где встречаются деревни с похожими названиями.

Впрочем, возможна и вторая, более прямая версия: Паховец могло быть прозвищем, данным по имени или роду занятий. Корень Пах- восходит к каноническому имени Пахомий (в просторечии Пахом). Пахомовы — одна из самых распространённых фамилий, а Паховцев — её более редкая, «географическая» вариация. Суффикс -ец в этом случае мог означать «сын Пахома» или «человек из рода Пахомовых», то есть Паховец — это потомок Пахома, но с уточнением, что он откуда-то пришёл или выделился в отдельную ветвь.

Обратим внимание на окончание: фамилия Паховцева склоняется по женскому роду, но исторически принадлежала женщине, чей муж или отец носил фамилию Паховцев. В документах XIX — начала XX века такие фамилии часто фиксировались именно в женской форме (например, «вдова Паховцева»). Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних регионов. По данным современных справочников, Паховцевы встречаются в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — то есть на территории бывшего южного пограничья, где фамилии с суффиксом -ец были особенно характерны для служилых людей и однодворцев. Таким образом, предки носительницы фамилии могли быть не крепостными, а государственными крестьянами или мелкими землевладельцами, получившими прозвище по месту жительства.