Фамилия Пахтыбаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Пахтыбаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Пахтыбаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Пахтыбаев образована от восточного мужского личного имени Пахтыбай, в основе которого лежат два тюркских слова: «пахта», что в переводе на русский язык означает «хлопок» и «бай» - «господин, повелитель». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Пахтыбаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Пахтыбаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.