Фамилия Пахтышев является самобытным памятником финно-угорской культуры. Фамилия Пахтышев образована от марийского имени Пахтыш. Точное значение этого имени не сохранилось. Однако можно предположить, что оно восходит к марийскому слову «пахта», которое на русский язык переводится как «крепкая медовуха». По другой версии, в основе данной фамилии лежит прозвище Пахтыш, которое ведет свое начало от финно-угорского слова «пахта», то есть «утес на берегу моря, или выдавшийся в море». Вполне вероятно, что основатель рода Пахтышевых жил в селении, расположенном неподалеку от обрыва. В оренбургских говорах пахтой называли персидский хлопок, который использовался для пошива халатов. В таком случае прозвище Пахтыш могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека. Поэтому возможно, что основатель рода Пахтышевых был портным или торговцем персидским хлопком. Кроме того, пахтой в прошлом также называли жидкость, оставшуюся после того, как из сливок сбивали масло. Соответственно, прозвище Пахтыш мог получить тот, кто сбивал масло. Таким образом, человек, предка которого звали Пахтыш, со временем получил фамилию Пахтышев. Безусловно, фамилия Пахтышев представляет собой замечательный памятник финно-угорской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, а потому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Пахтышев можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.