Фамилия Пакроснене — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу бросается в глаза нетипичное для русских фамилий окончание «-ене». Оно указывает на литовское или латышское происхождение. В балтийских языках суффикс «-ėnė» (в литовском) или «-ene» (в латышском) часто образует женские фамилии или фамилии по месту жительства, обозначая принадлежность к роду или местности. Таким образом, Пакроснене — скорее всего, женская форма фамилии, а её мужской вариант звучал бы как Пакроснас или Пакроснис.

Основа фамилии — «пакрос» — менее очевидна. Можно предположить, что она связана с литовским словом «krosnis» (печь, очаг) или с глаголом «krošti» (грузить, наваливать). Приставка «pa-» в балтийских языках часто имеет значение «под», «около» или указывает на действие, совершённое немного, слегка. В таком случае Пакроснене могло означать «та, что живёт у печи» или «та, чей предок был истопником, печником». Другая версия — топонимическая: фамилия могла возникнуть от названия хутора или усадьбы Пакроснай (Pakrosnai), что буквально переводится как «место у печи» или «место у груды камней».

Судя по окончанию, фамилия попала в русскую среду, скорее всего, с территории бывшего Великого княжества Литовского (современные Литва, Беларусь, западные области России). Носительницы такой фамилии в XIX — начале XX века могли быть крестьянками или мещанками из Жемайтии или Аукштайтии. В русских документах фамилию могли записывать на слух, поэтому возможны варианты: Пакроснене, Пакроснене, Пакрасьнене. Из-за редкости и отсутствия массовых переселений фамилия сохранилась в очень узком кругу потомков балтийских родов.