Фамилия Пакштас — характерный пример литовской фамилии, которая практически без изменений вошла в русский обиход. Её основа — литовское слово «paktas» или «pakštas», означающее «поцелуй». В литовском языке это существительное мужского рода, и фамилия образована по типичной для Прибалтики модели: к основе добавляется суффикс -ас, указывающий на принадлежность к мужскому роду в именительном падеже. Таким образом, Пакштас — это буквально «тот, кто целует», «целовальник» или «поцелуй». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на отчество или профессию, литовские фамилии на -ас сохраняют форму прозвища или личного качества.

С точки зрения происхождения, фамилия могла возникнуть как прозвище ласкового, нежного человека, либо, напротив, как ироничное именование для того, кто был склонен к излишней фамильярности или льстивости. В литовской ономастике есть и другая версия: слово «pakštas» в некоторых диалектах могло означать «щека», что также связывается с действием поцелуя. Интересно, что в русских документах XIX — начала XX века эта фамилия могла писаться с колебаниями: Пакштас, Покштас, а иногда и как Пакшта, если терялось окончание. Это связано с тем, что литовские фамилии на -ас при русификации часто усекались или получали русские суффиксы, но в данном случае форма сохранилась почти в оригинале.

Географически фамилия Пакштас наиболее характерна для северо-западных регионов бывшей Российской империи — современной Литвы, а также для смежных территорий Беларуси и Польши (Сувалкская губерния, Ковенская губерния). Встречается она и у потомков литовских переселенцев, которые в XIX веке мигрировали в Сибирь или на Дальний Восток. По сравнению с русскими фамилиями, Пакштас — довольно редкая, и её носители в России часто имеют литовские корни, хотя за века ассимиляции могли утратить язык. В Литве же фамилия встречается чаще, но не входит в число самых распространённых.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет типичных для славян суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу выдаёт её балтское происхождение. Если сравнивать с однокоренными, то в польском языке есть фамилия Paktas, а в латышском — Paksts, но литовский вариант с окончанием -ас — самый архаичный. В быту носители фамилии могли сталкиваться с тем, что её путали с более известной литовской фамилией Пакштене (женский вариант) или с польской Пакста. Однако Пакштас — это именно мужская форма, которая не склоняется по падежам в русском языке, что тоже подчёркивает её иноязычное происхождение.