Фамилия Пакштайтис — почти наверняка литовская, и её окончание -айтис (-aitis) сразу выдаёт способ образования. В литовской антропонимии суффикс -aitis (а также -enas, -utis и другие) традиционно указывал на сына или потомка: Пакштайтис буквально значит «сын Пакшты» или «потомок Пакшты». Основа — Пакшта (Pakštas), старинное личное прозвище или некалендарное имя. Его значение выводят из литовского слова pakštas — «хвощ» (полевое растение с жёстким стеблем). Прозвищем Пакшта могли наградить человека за внешнее сходство: высокого, худого или с торчащими волосами, напоминающими стебли хвоща. Другая версия — от глагола pakšėti («стучать», «щелкать»), что могло относиться к говорливому или резкому в движениях человеку.

Фамилия характерна для исторической территории Жемайтии и северо-запада Литвы, где суффикс -айтис особенно распространён. Встречается и в белорусских, и польских документах XIX века, так как литовские фамилии часто записывались в полонизированной форме — Пакштайт (Pakštajt) или Пакшта (Pakszta). После вхождения Литвы в состав Российской империи фамилия могла писаться через «и» с твёрдым знаком на конце, что усложняет её поиск в старых метриках.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, Пакштайтис не указывает на сословную принадлежность или владение землёй. Это типичная крестьянская фамилия, которая закрепилась в XVI–XVII веках, когда литовские крестьяне начали получать постоянные родовые прозвания. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был свободным или зависимым земледельцем из западных регионов современной Литвы, а его дальний предок получил прозвище от растения или звукоподражания, которое со временем стало фамилией всех потомков.