Фамилия Пакскина — женская форма, мужской вариант — Пакскин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пакска. Корень здесь неочевиден на первый взгляд, и это как раз тот случай, когда стоит заглянуть в диалектную лексику.

В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «пакша» или «пакша» означало «щека», «челюсть», а также «скула». Человек с заметными скулами или полными щеками мог получить прозвище Пакша. Уменьшительная форма — Пакска — звучала ласково или, наоборот, иронично, в зависимости от контекста. Такой способ образования фамилий через суффикс -ин типичен для северных и центральных областей России: он указывал на принадлежность — «чей сын?» — «Пакскин», то есть сын Пакски.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «пак» означает «чистый», «настоящий», а «пакша» могло быть прозвищем в значении «чистюля». Однако для фамилии Пакскина эта версия слабее, потому что суффикс -ин характерен именно для русских фамилий, образованных от прозвищ, а не для заимствованных основ.

Фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, где активно смешивались севернорусские переселенцы и местное население. По сословной принадлежности предки Пакскиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвища по внешности давали в среде, где фамилии закрепились поздно, в XVII–XVIII веках.

Однокоренные фамилии — Пакшин, Пакшеев, Пакшаев — встречаются чаще, но Пакскин стоит особняком из-за редкого промежуточного суффикса -ск-. Он мог появиться под влиянием местного говора или как вариант записи.