Фамилия Пакырзянов — одна из тех, где разбор упирается в корень, который не сразу поддаётся словарям и привычным именословам. На слух она звучит по-тюркски, и это первое, что бросается в глаза. Аффикс -ов указывает на русскую модель образования от отчества или прозвища, но основа, скорее всего, восходит к тюркскому языку, вероятнее всего — к татарскому или башкирскому.

Самая прямая версия связывает фамилию с тюркским словом «пакыр» или «бакыр» — «медь», «медный». В татарском языке «бакыр» — это и медь, и медные деньги, и даже прозвище человека с рыжеватым, медным оттенком волос или бороды. Тогда Пакырзянов — это «сын Пакырзяна», где Пакырзян — составное имя или прозвище: «пакыр» (медный) + персидский компонент «джан» (душа, человек). Такие двухосновные имена (типа Алтынбикә, Кызылбай) были распространены у татар и башкир: Пакырзян могло означать «медная душа» в смысле «человек, ценный как медь», либо просто указывать на внешность — рыжего человека. Суффикс -ов добавляется по русской грамматической традиции, поэтому исходное имя Пакырзян превратилось в фамилию Пакырзянов.

Менее вероятная, но не исключённая версия — от диалектного или профессионального прозвища. В некоторых говорах «пакыр» могло означать «горшок» или «глиняная посуда» (ср. чувашское «пакар» — горшок), но это уже совсем редкое значение, и связь с фамилией слабее.

Географически фамилия Пакырзянов встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона расселения татар и башкир, что подтверждает тюркскую основу. В отличие от распространённых фамилий вроде Бакиров или Бакеев, форма Пакырзянов более редкая и локальная: она сохранила полное исходное имя, а не только корень.

Исторически носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из татарских или башкирских деревень. Сведений о дворянском или купеческом происхождении нет. Сама фамилия — пример того, как тюркское личное имя, пройдя через русскую канцелярию XIX века, закрепилось в окончании -ов и стало родовым.