Фамилия Палисадина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не уличное прозвище, а научный термин из области ботаники. Корень здесь — «палисад» (или, точнее, «палисада»), что в русском языке XIX века означало частокол, забор из кольев, а в биологии — слой плотно прилегающих друг к другу клеток в листе растения (палисадная паренхима). Однако, скорее всего, фамилия образована от фамильного прозвания Палисадин, которое давали по месту жительства: «палисадником» в некоторых говорах называли не только цветник перед домом, но и огороженный участок, а также человека, живущего у такого забора или возле ограды.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Палисадин — «чей?» — сын Палисады, то есть человека, которого прозвали Палисада. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я: Палисада → Палисадин, а женская форма Палисадина — это либо «жена Палисадина», либо дочь. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается крайне редко, и в основном в центральных губерниях, где слово «палисад» было в ходу. Заметного дворянского рода с такой фамилией не известно — скорее всего, это мещанская или крестьянская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по деталям быта.

Версия о происхождении от французского palissade (частокол) правдоподобна, но не стоит искать в ней «иностранные корни» носителя. Русские фамилии на -адин/-адин нередко калькируют заимствованные слова: Палисадина могла появиться в эпоху увлечения европейской культурой, когда садовые ограды стали называть «палисадами», а их владельца — Палисадой. В пользу этой гипотезы говорит и тот факт, что фамилия почти не имеет однокоренных «народных» вариантов — нет, например, Палисадников или Палисадов, что указывает на книжное, а не диалектное происхождение.

Таким образом, Палисадина — фамилия-топографическая метка. Предок носителя жил у палисада (садовой ограды) или сам был садовником, разбивавшим палисадники. В современном звучании она сохранила редкий ботанический оттенок, но для этимолога это прежде всего указание на место и род занятий, а не на растение.