Фамилия Памртаен не вписывается в привычные модели русских фамилий. В ней нет суффиксов -ов, -ин, -ский, которые типичны для фамилий, образованных от имени или прозвища отца. Это наводит на мысль, что перед нами либо позднее искусственное образование, либо фамилия иноязычного происхождения, записанная кириллицей на слух.

Скорее всего, Памртаен — это результат транслитерации фамилии из языка, где звуки и буквы не совпадают с русскими. Наиболее вероятная версия — передача немецкой фамилии Pamraten или Pamrthen. В немецком языке сочетание «ae» часто обозначает звук «э» (ä), а конечное «en» — типичный суффикс, указывающий на местность или принадлежность. Если исходная форма была Pamraten, то её можно разбить на корень Pamr- (возможно, от личного имени или топонима) и суффикс -aten, который в некоторых диалектах указывает на «жителей» или «принадлежащих к».

Вторая версия, менее вероятная, — это искажение при записи редкой финно-угорской фамилии. В языках этой группы встречаются сочетания согласных, которые при переписи могли записать как «Памртаен». Однако без географической привязки к конкретному региону (например, к бывшим немецким колониям в Поволжье или к Прибалтике) эта гипотеза остаётся лишь предположением.

Самое правдоподобное объяснение: фамилия Памртаен — русифицированная форма немецкой фамилии, которую получил предок-носитель, переселившийся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. В таком случае исходное значение могло быть связано с названием хутора, деревни или профессией (например, от немецкого «Pammer» — ворчун, брюзга, хотя это очень шаткая догадка). Однозначного ответа на вопрос о значении корня нет — слишком редкая и нехарактерная для русского языка основа.