Фамилия Панафенов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного крестьянского суффикса -ин или дворянского -ский, а основа на первый взгляд кажется заимствованной. Чтобы понять её корни, нужно разобрать слово по частям и отбросить современное звучание.

Ключ к разгадке — суффикс -ов, который указывает на отчество или прозвище отца. Основа «Панафен» почти наверняка является искажённой формой греческого имени Пантелеимон (Пантелеймон). В народной речи это имя сокращалось до Пантелей, Пантелеха, Пантелея, а также до Панафей. Форма «Панафен» — результат диалектной перестановки звуков или упрощения: Пантеле(й) → Панате(й) → Панафей → Панафен. Таким образом, Панафенов — это «сын Панафена», то есть потомок человека, которого в быту звали Панафеном вместо полного церковного имени Пантелеймон.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: связь с греческим словом «панафинеи» (древнегреческие празднества). Однако фамилия Панафенов не встречается в греческой ономастике, а в русской среде такое прозвище могло появиться только у человека, связанного с церковным календарём или учебой в духовной семинарии, где греческие термины были в ходу. Но это скорее искусственное, «кабинетное» объяснение.

Географически фамилия привязана к центральным и южным областям России, где было распространено имя Пантелеймон. Из-за редкости и нестандартного звучания Панафеновы могли принадлежать к разным сословиям — от крестьян до мещан, но в дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется. Её носители, скорее всего, были простыми людьми, получившими фамилию по отцу, которого в деревне звали сокращённо Панафен.

Особенность написания — буква «ф» вместо ожидаемого «в» (Панафенов, а не Панавенов) — подтверждает, что основа происходит от имени с «ф»: греческое «Пантелеимон» через ступень «Пантелех» дало твёрдый звук «ф» в просторечии. В современных носителях фамилии часто удивляются её греческому налёту, но на деле она чисто русская, образованная по стандартной модели отчества.