Фамилия Пандикиди звучит необычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. Перед нами типичная греческая фамилия, образованная по модели, распространённой в Малой Азии и Причерноморье. Основа здесь — Пандик (Πανδίκης), а суффикс -иди (-ίδης) — один из главных родовых показателей в новогреческом языке. Он означает «сын» или «потомок», то же самое, что и русское окончание -ов. Пандикиди — буквально «сын Пандика».

Корень имени Пандик, скорее всего, восходит к греческому слову πανδικός — «всеобщий», «общенародный», а в более древнем контексте — «принадлежащий всему народу». Имя могло быть прозвищем человека, который пользовался всеобщим уважением или, наоборот, отличался тягой к общественной жизни. Встречаются и иные версии, связывающие основу с именем Пандион (Πανδίων) — мифическим афинским царём, но это менее вероятно: суффикс -иди обычно присоединяется к краткой, а не к полной форме личного имени.

Географически фамилия Пандикиди типична для понтийских греков — выходцев с южного побережья Чёрного моря (историческая область Понт). После трагических событий начала XX века (греко-турецкая война и обмен населением) многие носители такой фамилии оказались в Греции, а часть — в России и на Украине, куда переселились ещё раньше, в ходе освоения Новороссии. Встречаются Пандикиди и среди греков Грузии.

В русском языке фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине, и полностью неизменяема для женщины. Ударение чаще всего ставят на последний слог — Пандикиди́, хотя в греческом оригинале оно падает на предпоследний: Панди́киди. Такая фамилия — редкий случай, когда по одному только окончанию можно безошибочно определить этническое происхождение её первых носителей.