Фамилия Пандяшкин — редкий случай, когда суффикс необычнее корня. В ней выделяется основа «Пандяшк-» и фамильный суффикс «-ин», который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — Пандяшкин, то есть сын или потомок Пандяшки.

Сама основа, скорее всего, восходит к прозвищу Пандяшка. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Пантелеймон или Панфил (оба из греческого «всемилостивый» и «всеми любимый»). В народе такие имена сокращали до Паня, Пантя, Пандя, а затем добавляли типичный для прозвищ суффикс «-яшка» (как Ваня — Ваняшка, Степан — Степашка). Пандяшка — это человек, которого в быту звали ласково-сокращённо, а фамилия закрепила эту домашнюю форму.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с диалектным словом «пандя» или «пандякать» — в некоторых южнорусских говорах так называли медлительного, неуклюжего или нерасторопного человека. Однако для этой гипотезы нет надёжных лексикографических подтверждений, и первая версия — от имени — выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где были распространены формы на «-яшка». Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одной или двух соседних деревнях, где жил крестьянин Пандяшка, и его потомки разнесли фамилию по окрестностям.

Словообразовательная модель Пандяшкин — типичный пример того, как церковное имя, пройдя через цепочку народных сокращений, превратилось в фамилию. В отличие от распространённых Пантелеевых или Панфиловых, эта фамилия сохранила именно обиходный, «домашний» вариант имени, что делает её любопытным памятником живой русской речи, а не книжной традиции.