Фамилия Пандыклы — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка связано не с русской, а с тюркской языковой средой. Основа «пандык» или «бандык» восходит к тюркскому слову со значением «пятнистый», «рябой» или «пёстрый». В тюркских языках (крымскотатарском, турецком, азербайджанском) слово «бенек» или «пандык» означает крапинку, пятно. Соответственно, прозвище Пандык могли дать человеку с рябым лицом, веснушками или необычной окраской кожи.

Суффикс «-лы» в тюркских языках — типичный аффикс обладания, примерно соответствующий русскому «-атый» или «-истый». Пандыклы буквально переводится как «имеющий пятна» или «пятнистый». Такая модель словообразования очень распространена в крымскотатарских, турецких и караимских фамилиях: сравните Караманлы (чернозначный), Чавдарлы (с чубом). Фамилия могла закрепиться как родовое имя у крымских татар или народов Северного Кавказа, испытавших тюркское влияние.

На территорию Российской империи фамилия могла попасть с переселенцами из Крыма после присоединения полуострова в 1783 году или с ногайцами, которых переселяли в Приазовье и на Кубань. В современной России носители фамилии Пандыклы встречаются в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму — то есть в регионах, где исторически были тюркские поселения.

Изредка встречается вариант написания Пандыклы с твёрдым знаком на конце (Пандыклый) — это результат адаптации к русским патронимическим суффиксам, когда фамилию пытались вписать в модель прилагательных. Но исходная форма без окончания — Пандыклы — сохранилась как более аутентичная. Других версий происхождения (например, от славянского корня) у этой фамилии нет: ни по звучанию, ни по словообразованию она не вписывается в русскую ономастику.