Фамилия Панифлова — женская форма, а её мужской вариант Панифлов встречается реже, что уже указывает на необычную модель образования. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев обычно образуются от основ, оканчивающихся на согласный, а здесь мы видим основу «Панифл-» и суффикс -ов. Сама основа вызывает вопросы: она явно не исконно русская, а скорее всего, переработанное каноническое имя.

Вероятнее всего, Панифлов — это русифицированная форма от греческого имени Онуфрий (в церковной традиции — Онуфрий Великий, пустынник IV века). В народном произношении имя часто искажалось: Онуфрий превращался в Ануфрий, затем в Панофрий, а далее в Панифл. Произошла типичная для русских говоров перестановка звуков и замена труднопроизносимого начала на более привычное «Па-». Подтверждение этой версии — существование фамилий Панифёров, Панифидин, Панофёров, которые ведут родословную от того же корня.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Панифлов — «сын Панифла», где Панифл — обиходная форма крестильного имени. Такие фамилии давали в среде крестьян и мещан, где церковные имена переделывали на свой лад. Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским регионам, где подобные фонетические изменения были распространены. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища или семейного имени в одном-двух уездах.

Менее убедительная версия связывает Панифлова с редким заимствованным прозвищем от греческого «пани» (всё) и «филос» (любящий) — «вселюбящий», но это слишком книжная конструкция для русской деревни. Более правдоподобно, что предки носителя фамилии были крестьянами или посадскими людьми, чью фамилию записали по отцу, которого в быту звали Панифл.