Фамилия Паниграхи — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. Её форма сразу выбивается из привычного ряда фамилий на -ов, -ин или -ский, что указывает либо на позднее происхождение, либо на иноязычную основу, адаптированную в русской среде без типовых суффиксов.

Вероятнее всего, фамилия имеет греческие или южнославянские корни. Основа «Паниграхи» может восходить к греческому слову «панигири» (πανηγύρι) — так называли народное гулянье, ярмарку или праздник, часто приуроченный к религиозному торжеству. В греческой диаспоре, а также среди греков Приазовья и Крыма, прозвище Панигра́х или Панигира́х мог получить человек, который был завсегдатаем праздников, либо тот, кто организовывал ярмарки. При переходе в русскую среду окончание могло измениться под влиянием местного произношения: «Панигири» превратилось в «Паниграхи».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских диалектах «паны» или «пани» означает «господин», а «грах» — искажённое «карах» (чёрный). Однако такое объяснение выглядит натянутым: для тюркских фамилий характерны другие модели (на -ов, -оглы), а форма «Паниграхи» для них нетипична.

С точки зрения русской ономастики, фамилия могла быть записана как Паниграхов, но по какой-то причине закрепилась без суффикса. Такое встречается у фамилий, которые попали в метрические книги из устной речи священников или писарей, не знакомых с исходным языком. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украины — регионам, где исторически селились греки (Мариуполь, Одесса, Таганрог). В центральных областях России она практически не встречается.

Носитель фамилии Паниграхи, скорее всего, потомок греческого переселенца, чьё прозвище было связано с ярмарочной или праздничной жизнью. Точных сведений о дворянском или крестьянском происхождении нет — в дореволюционных списках эта фамилия не фигурирует как родовая знать, что указывает на её простонародное, возможно, мещанское или купеческое корни.