Фамилия Панцарникова — одна из тех, что почти не встречается за пределами узкого круга носителей, и её разговорная природа выдаёт прозвище, а не книжное имя. В основе лежит слово «панцарник» — это южнорусский, украинский и белорусский вариант названия мастера, делавшего панцири, то есть доспехи. Панцирник, панцарник, панцерник — все эти формы восходят к польскому «pancerz» или немецкому «Panzer» (броня, доспех, панцирь). Таким образом, первый носитель фамилии был скорее всего ремесленником-бронником, кузнецом, ковавшим защитное снаряжение.

Суффикс -ник указывает на профессию или род занятий: «тот, кто делает панцири». Затем к этому прозвищу добавился патронимический суффикс -ов, и фамилия приняла форму Панцарников, а женский вариант — Панцарникова — образовался от неё стандартным путём. Модель образования типична для русских фамилий от ремесленных прозвищ: Кузнецов, Плотников, Столяров — и Панцарников стоит в том же ряду, хотя его основа встречается реже.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, где в прошлом сохранялись традиции казачьего быта и доспешного дела. В старых писцовых книгах и ревизских сказках можно встретить форму «Панцерников» (с буквой е), что указывает на вариант произношения через «е», а не через «а». Со временем под влиянием аканья (произношения «а» вместо безударного «е») написание закрепилось как Панцарников.

У фамилии нет сложной спорной этимологии: корень прозрачен, а альтернативные версии — например, связь с польским словом «pancer» в значении «панцирь» или с именем Панцер (редкое личное имя) — лишь уточняют региональные детали. Наиболее правдоподобно, что предок носителя фамилии был не просто воином, а именно мастером, изготавливавшим доспехи, — профессия, которая в XVI–XVII веках ценилась высоко и передавалась по наследству.