Фамилия Пантюнин — одна из тех, что хранит в себе имя предка, причем имя редкое, почти забытое сегодня. В её основе лежит крестильное имя Пантелеймон, которое в народной русской речи претерпело множество сокращений и переделок: Пантелей, Пантюха, Пантюша, Пантя. От этих обиходных форм и пошли фамилии вроде Пантелеев, Пантюхов, Пантюшин и, конечно, Пантюнин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пантюнин буквально означало «чей?» — «сын Пантюни». Сама форма Пантюня — это ласкательное или бытовое прозвище от Пантелеймона, возникшее по той же модели, что Степан → Степаня → Степанин, или Иван → Ваня → Ванин. Имя Пантелеймон в переводе с греческого значит «всемилостивый», но в крестьянской среде его связывали не столько с этимологией, сколько с днем святого Пантелеймона-целителя, которого почитали как избавителя от болезней. Фамилия, таким образом, могла указывать на то, что предок родился или был крещен в день этого святого — 27 июля (9 августа) по новому стилю.

Интересная деталь: в отличие от более распространенной фамилии Пантелеев, образованной от полной формы имени, Пантюнин относится к группе фамилий, возникших от уменьшительных вариантов. Такие фамилии чаще встречались в северных и центральных губерниях России, где любили укорачивать имена до простых двусложных форм. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с именем Пантюня — например, в переписных книгах Вятки и Устюга Великого. Это намекает на возможную географию фамилии: её корни скорее всего лежат в старых землях Русского Севера или Среднего Поволжья, где такие формы были в ходу.

Есть и вторая, менее вероятная версия: что основа Пантюн — не от Пантелеймона, а от диалектного слова «пантюха» или «пантя» в значении «неповоротливый, увалень». Но она слабая, потому что прозвище с таким значением скорее дало бы фамилию Пантюхин, а не Пантюнин. К тому же, имя Пантелеймон было настолько популярно, что именно его производные перекрывают все альтернативные толкования. Так что носитель фамилии Пантюнин с высокой долей вероятности ведет свой род от человека по имени Пантюня — Пантелеймона.