Фамилия Папгариновян — редкий пример фамилии, образованной от названия населённого пункта с помощью армянского суффикса принадлежности -ян (вариант -янц). В основе лежит топоним Папгарин (или Папгарино) — так могли называть село или хутор, где жил основатель рода. Суффикс -ов- в середине фамилии (Папгарин-ов-ян) указывает на русское или тюркское влияние: скорее всего, первоначальное армянское название места (Папгарин) было адаптировано русским языком через добавление -ов, а затем возвращено в армянскую среду с фамильным суффиксом. Такая двойная модель встречается у армян, живших в смешанных регионах — на Кубани, в Ростовской области или на Северном Кавказе, где армянские фамилии нередко русифицировались.

Корень «Папгар» можно связать с армянским словом «пап» (дед, предок) и «гар» (камень, скала) — то есть «дедов камень» или «скала предка». Вероятно, так называли местность, где стоял древний камень-указатель или святилище. Менее вероятна связь с тюркским «пап» (отец) и «гарин» (живот, утроба) — это дало бы прозвище вроде «толстый отец», но для топонима такое сочетание нетипично.

Носители фамилии Папгариновян — это потомки армян, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках из Восточной Армении или Крыма. Встречается фамилия в основном в Краснодарском крае и Ставрополье, а также в Армении (единичные случаи). Сословная принадлежность предков неясна: суффикс -ян не даёт подсказки, так как его носили и крестьяне, и мещане, и духовенство. Однако двойная русификация (через -ов) чаще встречалась у тех, кто вёл оседлый образ жизни и имел дело с русской администрацией — например, у ремесленников или торговцев.

Сравните с фамилиями Папгарян (без -ов-) и Папгарино́в (чисто русская форма). Ваш вариант — гибрид, который говорит о сложной миграционной истории семьи: предки жили в месте с армянским названием, затем попали в русскоязычную среду, а потом, возможно, вернулись к армянской идентичности, но сохранили следы прежней записи.