Фамилия Папинигис — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка можно определить по окончанию, даже не зная корня. Суффикс «-игис» выдает в ней литовскую или, шире, балтийскую основу. В литовском языке суффикс «-игис» (или «-игис/ -игис») часто образует фамилии от личных имен или прозвищ, аналогично русскому «-ов» или польскому «-ич». Поэтому носитель фамилии Папинигис, скорее всего, имеет предков с территории современной Литвы или исторической Жемайтии.

Теперь о корне. Самая очевидная и правдоподобная версия связывает его с литовским словом «papa» — «отец», «папа». В таком случае «Папинигис» буквально означает «сын папы» или «отцовский». Но здесь есть нюанс: в литовской ономастике такие «родственные» фамилии обычно образовывались от уменьшительных форм имени отца (например, от «Папялис»). Прямое «Папинигис» могло быть прозвищем, данным человеку, который был особенно близок к отцу, был его любимцем или, наоборот, «маменькиным сынком» — в зависимости от контекста.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «pāpins» (в латышском языке, близком к литовскому), что значит «перец». Тогда Папинигис мог быть прозвищем человека с острым, «перченым» характером или торговца пряностями. Однако для литовского языка такая связь слабее, и версия с «отцом» остается основной.

Географически фамилия с таким окончанием почти не встречается за пределами Литвы и приграничных районов Беларуси и Польши, где исторически жили литовцы. В русском языке фамилия могла записываться с вариациями — Папинигис, Папинигис, — но исходная литовская форма, скорее всего, Папинигис (Papinigis). Из-за редкости фамилии в открытых источниках не найти данных о дворянском или крестьянском происхождении, но суффикс «-игис» указывает на то, что она сформировалась в среде простого народа, а не знати, которая чаще брала фамилии на «-ский».