Фамилия Папученко образована по украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках закрепился в Поднепровье и Слобожанщине как основной патронимический формант. В буквальном смысле Папученко — «сын или потомок Папука». А вот с основой сложнее: прозвище или имя Папук в украинской антропонимии встречается редко и допускает как минимум две трактовки.

Первая и наиболее вероятная версия связывает Папука с диалектным южнорусским и украинским словом папук — «паук». В говорах Черниговщины, Полтавщины и Харьковщины так до сих пор называют членистоногого. Прозвище Папук могли дать либо ткачу (по ассоциации с паутиной), либо человеку с цепкими, длинными руками, либо просто нелюдимому, «паучьему» по характеру. В ономастике известны параллельные фамилии Паук, Пауков, Паукович, и Папученко стоит в том же ряду, но с характерным украинским оформлением.

Вторая гипотеза выводит основу из уменьшительной формы крестильного имени Павел (в украинском народном варианте — Павло → Павук → Папук). Такая цепочка фонетически возможна, но менее убедительна: для имени Павел в украинской традиции куда типичнее суффиксы -ук/-юк (Павлюк, Павлушенко), а форма Папук для патронима от Павла — редкость и скорее исключение.

Географически фамилия Папученко тяготеет к левобережным областям Украины — Полтавской, Сумской, Харьковской, откуда в XIX веке вместе с крестьянами и казаками переселенцы уносили её на Кубань и в южные губернии России. В метрических книгах XVIII века на Черниговщине фиксируются Папученки среди казацкой старшины и мещан, что указывает на довольно широкое социальное распространение: фамилия не была закреплена за одним сословием.

В отличие от массовых фамилий вроде Шевченко или Коваленко, Папученко сохраняет прозрачную, но неочевидную связь с прозвищем. Если предок носителя был ткачом, то фамилия хранит память о ремесле; если же прозвище отражало внешность или повадки — перед нами типичный случай, когда мир живого стал источником для личного имени.