Фамилия Пархисенко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, характерный для Левобережной и Степной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Харьковщина), изначально означал «сын» или «потомок»: Пархисенко — буквально «сын Пархиса». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, украинские фамилии на -енко долго оставались полуофициальными, не закрепляясь за сословиями, и лишь к XIX веку стали наследственными.

Основа фамилии — имя Пархис. Это редкая народная форма канонического крестильного имени Парфений (от греческого παρθένος — «девственник, чистый»). В украинской и южнорусской среде имя переосмыслили: отпало окончание -ий, а звонкое «ф» в живой речи заменилось на более привычное «хв» или «х» (сравните: Пархис, Пархом, Хома вместо Фома). Так Парфений превратился в Пархиса — имя, которое в документах XVIII–XIX веков встречается у казаков и крестьян Черниговской и Полтавской губерний.

География фамилии подтверждает украинское происхождение. По данным переписей, большинство Пархисенко и сейчас живут в Сумской, Полтавской и Харьковской областях Украины, а также в приграничных районах России (Белгородская, Курская области), куда переселялись украинские крестьяне в ходе столыпинской реформы. Встречаются варианты написания: Пархисенко, Пархисеенко, Пархищенко — последний мог возникнуть под влиянием русского произношения, где «с» перед «е» смягчается до «щ».

Спорных версий происхождения у фамилии нет: корень прозрачен, суффикс типичен. Единственное, что может сбить с толку — это редкое имя Пархис, которое не стоит путать с украинским словом «пархіс» (плохой, дрянной) — это случайное созвучие, не имеющее отношения к фамилии. Предки Пархисенко, скорее всего, были казаками или крестьянами, носившими имя Пархис, а их потомки уже в XIX веке закрепили фамилию по отцу.