Фамилия Пацубиенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике XVI–XVIII веков выполнял роль отчества или указания на принадлежность к роду: буквально «чей?» — «сын такого-то» или «маленький, младший». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, украинские фамилии на -енко раньше стали наследственными и охватили все сословия: от казацкой старшины до крестьян.

Основа фамилии — Пацуб (или Пацуба). Это прозвище, а не каноническое имя. Его происхождение можно объяснить двумя способами, и оба имеют право на жизнь.

Первая версия — от диалектного украинского слова «пацюба», которое в некоторых говорах означало «кнут», «плеть» или «бич». Прозвище Пацуба мог получить человек, который делал кнуты, торговал ими или же просто часто ими пользовался (например, пастух или возница). В таком случае основа фамилии указывает на ремесло или характерный инструмент в хозяйстве.

Вторая, более спорная, но упоминаемая в народной этимологии версия — связь с глаголом «пацюбати» (стучать, колотить, бить). Прозвище могло закрепиться за человеком шумным, драчливым или, наоборот, за мастером, работа которого сопровождалась стуком (кузнец, бондарь). Однако эта версия менее надёжна, так как глагол имеет узкорегиональное хождение.

Географически фамилия Пацубиенко и её варианты (Пацуба, Пацубенко) наиболее характерны для центральных и восточных областей Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, а также для юга России, куда фамилия попала с переселенцами. В написании через «и» (Пацубиенко, а не Пацубенко) проявляется типичная украинская орфографическая черта: вставной гласный «и» между основой и суффиксом, который часто встречается в фамилиях от основ на согласный (ср. Гриценко — Грицаенко, Коваленко — Коваленко, но и Пацубиенко).

Таким образом, фамилия Пацубиенко — это «сын Пацубы» или «потомок Пацубы». Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, получившим прозвище по орудию труда (кнуту) или по особенности характера, и жил в украинской среде, где фамилии на -енко были нормой для всех слоёв населения, независимо от социального статуса.