Фамилия Пайбердин — один из тех редких случаев, когда разбор упирается не в славянский корень, а в тюркское или финно-угорское прозвище. Её основа — «Пайберда» (или «Пайберде»), где первая часть «пай» (в тюркских языках — «доля», «часть», «счастье», «богатство», а в некоторых диалектах — «почётный»), а вторая — «берде» (от глагола «бер» — «дал»). В буквальном прочтении получается нечто вроде «богатством данный» или «счастливая доля». В татарской и башкирской среде такое имя-пожелание давали ребёнку, чтобы жизнь его сложилась удачно.

Суффикс «-ин» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на -а/-я. То есть Пайбердин — это «чей?» — сын Пайберды. Фамилия могла возникнуть при переходе тюркского населения на русскую систему именования, когда отчество или прозвище предка закрепилось за потомками. Встречается она преимущественно в Поволжье и Приуралье — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, что подтверждает её корни в среде местных тюркских народов.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от марийского «пай» («доля», «часть») и «берде» (диалектная форма «бердӹ» — «дал»). Марийский язык, как и тюркские, входит в урало-алтайскую семью, и схожие конструкции встречаются в ономастике финно-угров. Но тюркская этимология всё же надёжнее — она шире представлена в документах и топонимике.

Социальный состав носителей Пайбердиных — в основном крестьяне и служилые люди из татарских и башкирских родов. В дореволюционных переписях фамилия фиксировалась у жителей Казанской и Уфимской губерний, нередко в среде тептярей и мишарей. Дворянских ветвей с такой фамилией не известно — это не аристократическая, а народная фамилия, возникшая из личного имени-пожелания.

В современном русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное: Пайбердина, Пайбердину, Пайбердиным. Ударение, судя по аналогичным фамилиям (Бердин, Сайфуллин), падает на последний слог — Пайберди́н, хотя в устной речи встречаются варианты. Редкость фамилии (в базе данных ЗАГСов её носителей — единицы) говорит о том, что род не был многочисленным и сохранился в основном в местах исконного проживания.