Фамилия Пчаернек звучит настолько необычно для русского уха, что сразу наводит на мысль об иноязычном происхождении. И это верный след. Скорее всего, перед нами пример фамилии, попавшей в русский обиход из польского или западноукраинского ареала, либо же это результат поздней адаптации немецкой или чешской фамилии. В русском языке нет корней, которые бы складывались в такое сочетание согласных.

Разберём возможную этимологию. Если исходить из польского языка, то основа может быть связана со словом «pchać» — «толкать», «пихать». Суффикс «-er» в польских фамилиях часто указывает на деятеля (сравните с польскими фамилиями на -er, -arz). Таким образом, «Pchacz» или «Pchaczek» — это «толкач», человек, занятый толканием чего-либо (например, грузчика на пристани или рабочего на толоке). Окончание «-ek» — типичный уменьшительный или патронимический суффикс (сын такого-то). В таком случае Пчаернек могло возникнуть из формы Pchaczernek или Pchaczynek, где «er» — это часть основы, а не отдельный суффикс.

Вторая, более правдоподобная версия ведёт к немецкому языку. Фамилия могла быть записана на слух как Pfacherneck или Pfachernek. Немецкое «Pfacher» — редкое, но возможное производное от «Pfach» (отсек, ячейка, улей) или от диалектного «pfachen» (закрывать, затыкать). Окончание «-neck» (от «Ecke» — угол) или «-nek» (как чешское уменьшение) могло прикрепиться при миграции. Например, переселенец из немецких колоний в Поволжье или Причерноморье нёс фамилию Pfacher, а местные писцы, не зная немецкой орфографии, записали её на слух как Пчаернек, добавив характерное для восточноевропейской ономастики окончание.

География бытования фамилии подсказала бы больше, но без неё можно предположить, что Пчаернек — это фамилия позднего происхождения, скорее всего, XIX века, когда шёл активный приток немецких колонистов и перепись населения фиксировала имена на слух. Встретить её можно в Беларуси, на Западной Украине или в южных регионах России, куда переселяли иностранных мастеров. То, что фамилия не имеет очевидной русской модели (нет суффиксов -ов, -ин, -ский), говорит о том, что её носители, вероятно, долго сохраняли свою общину и не ассимилировались в русскую систему фамилий.

Спорных версий здесь немного: однозначно ясно, что корень не славянский в привычном понимании, а либо западнославянский (польский) с искажением, либо германский. Наиболее экономное объяснение — немецкое происхождение с последующей адаптацией в польской или украинской среде, где и закрепилось это необычное звучание.