Фамилия Педофилинов — случай настолько редкий и стилистически маркированный, что её происхождение требует осторожного разбора, без поспешных и скандальных выводов. Первое, что бросается в глаза — корень «педофил-», который в современном русском языке имеет однозначно отрицательную, уголовно наказуемую окраску. Однако историческая ономастика редко работает напрямую с современными значениями: фамилии образовывались за столетия до того, как слово «педофил» вошло в обиход (в русском языке это произошло не ранее конца XX века, как заимствование из греческого через европейские языки).

Наиболее правдоподобная версия — фамилия Педофилинов образована от греческого корня «педо-» (παιδίον — дитя, мальчик) и «-фил» (φίλος — друг, любящий). В дореволюционной России, особенно в среде духовенства, были распространены фамилии, составленные из греческих элементов: Педофилов, Педиков, Детофилов. Суффикс «-ин» указывает на типичную русскую модель притяжательности («чей?» — Педофилинов сын). Таким образом, исходное прозвище или семинарская фамилия Педофил могло означать «любящий детей» в самом прямом, педагогическом или опекунском смысле — например, так могли прозвать учителя, воспитателя, няньку или человека, который много времени проводил с детьми. Никакой криминальной подоплёки в XIX веке это слово не имело: оно было книжным, редким и употреблялось в значении «детолюб».

Возможна и альтернативная, более прозаическая версия: фамилия могла возникнуть как искажение или переосмысление другой, более распространённой фамилии. Например, от тюркского имени «Педи» или от диалектного слова «педя» (ладонь, пядь) — в этом случае «Педофилинов» могло быть результатом народной этимологии, когда непонятное слово «подогнали» под знакомый корень. Однако такая гипотеза слабая, так как не объясняет суффикс «-фил», явно книжного происхождения.

Географически фамилия почти не встречается: в современных базах данных (например, в реестрах ЗАГС или телефонных справочниках) она отсутствует или представлена единичными случаями. Это говорит о том, что Педофилинов — либо угасшая, либо крайне редкая фамилия, возможно, существовавшая в одном-двух родах. Сословная принадлежность, скорее всего, духовная или мещанская: именно в среде семинаристов и городских низов любили сочинять фамилии из греческих корней.

Единственная деталь, которая отличает эту фамилию от десятка похожих, — её трагическая судьба в XX веке: после того как слово «педофил» стало ругательным и уголовным термином, носители фамилии, если они были, наверняка меняли её или сталкивались с насмешками. В отличие от фамилий вроде Дураков или Злобиных, которые со временем потеряли оскорбительный оттенок, Педофилинов попал под семантический запрет. Сегодня это фактически мёртвая фамилия — её почти невозможно носить без того, чтобы не объяснять происхождение каждому встречному.