Фамилия Пекцоркин — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет распространённых славянских суффиксов -ов или -ин, а финаль -кин указывает на характерную словообразовательную модель: так в русских фамилиях часто оформляли прозвища, оканчивающиеся на -ка или -ко (Пекцорка → Пекцоркин). Значит, в основе лежит прозвище Пекцорка, а оно, скорее всего, связано с профессиональным или бытовым занятием.

Самая правдоподобная версия отсылает к диалектному глаголу «пектовать» или «пекторить» — в некоторых русских говорах так называли печь, выпекать хлеб, а также возиться с тестом. Пекцоркой могли прозвать пекаря, хлебопёка или человека, который торговал выпечкой. Суффикс -орк- в прозвище — редкий, он мог появиться под влиянием местного произношения или как вариант от «пектор» (пекарь) с уменьшительным оттенком.

Менее вероятна связь с греческим словом «пектор» (грудь, грудная клетка) — эта версия выглядит натянутой, так как фамилия не встречается в среде духовенства или в книжной традиции. Также не стоит путать её с фамилией Пекторкин, которая могла возникнуть от латинского «pector» (грудной) в медицинской среде — для Пекцоркина такое объяснение слабое.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где сохранялись диалектные формы глаголов. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении от одного прозвища, которое не получило широкого распространения. Предок Пекцоркиных, скорее всего, был пекарем или мельником, а его прозвище закрепилось за потомками в форме отчества.