Фамилия Пеникер — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или еврейское (ашкеназское). В русском языке она выглядит как искусственная или заимствованная, и это ключ к её разгадке.

Скорее всего, в основе лежит немецкое слово «Peniker» или «Pönicker». Первый вариант — профессиональное прозвище от глагола «penen» (в диалектах — «бить, колотить») или от «Pen(n)e» (тюрьма, ночлежка). Второй вариант — топонимический, от названия населённых пунктов вроде Пёник (Pönick) в Восточной Пруссии или Саксонии. В таком случае фамилия указывала на выходца из этих мест.

Еврейская версия не менее вероятна. В ашкеназской традиции фамилии часто образовывали от названий профессий на идише или немецком. «Пеникер» могло означать переписчика, писаря (от идишского «pen» — перо) или, что реже, торговца пенькой (от немецкого «Penn» — конопля). Суффикс «-ер» типичен для немецких и еврейских фамилий, обозначающих деятеля.

В России фамилия встречается крайне редко, в основном в документах XIX–XX веков среди еврейских общин западных губерний (Волынская, Подольская) и немецких колонистов Поволжья. Если предки носили эту фамилию, они с высокой вероятностью были переселенцами — либо ремесленниками из германских земель, либо еврейскими жителями местечек, получившими фамилию при паспортизации в начале XIX века.

С точки зрения словообразования, это типичная модель для западных фамилий: корень + суффикс деятеля. Славянского суффикса (-ов, -ин) здесь нет, поэтому фамилия не склоняется как типичная русская (Пеникер, Пеникеру), хотя в быту её могут адаптировать.