Фамилия Пеперок — редкий случай, когда прозвище не обросло стандартным фамильным суффиксом. В русской традиции фамилии обычно заканчиваются на -ов, -ин или -ский, но Пеперок остался в «чистом» виде, как и многие украинские или белорусские прозвищные фамилии. Это сразу указывает на географию: скорее всего, фамилия сформировалась на юго-западе России, в Беларуси или на Украине, где такая модель — норма.

Основа фамилии — слово «перец». Но не в прямом значении «пряность», а в переносном: «перец» на сленге означал человека с острым языком, язвительного, бойкого, того, кто «жжёт» словом. Форма «Пеперок» — это диалектное или просторечное произношение с заменой «е» на «е» под ударением и с суффиксом -ок, который придаёт оттенок уменьшительности или принадлежности. То есть Пеперок — это буквально «маленький перец» или «сын Перца», но скорее всего, так могли прозвать не самого носителя, а его отца: «чей будешь? — Пеперков», но со временем окончание отпало, и фамилия застыла в форме прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту версию. Фамилии Перец, Перцев, Перецкий встречаются чаще, но Пеперок — более редкий вариант, сохранивший живую разговорную огласовку. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные формы не выделяются в отдельную группу, но они характерны для западнорусского ареала, где фамилии на -ок (Жучок, Козубок) — не редкость.

Версия о польском или еврейском происхождении (от фамилии Pieprzyk — «родинка» или «перчик») возможна, но менее вероятна: в польском языке слово «pieprz» дало бы скорее фамилию Пепжик или Пепровский. Русский Пеперок звучит как народное, бытовое прозвище, а не как заимствование.

Так что предок носителя фамилии Пеперок, скорее всего, был человеком с характером — острым на язык, задиристым или просто невысоким и юрким, за что его и прозвали Перцем или Пеперком. Фамилия не указывает на сословие: её могли носить и крестьяне, и мещане. Встречается она в основном в южных областях России и в восточной Украине, но точных статистических данных по распространению нет — фамилия редкая.