Фамилия Пеперьянец — редкая и с первого взгляда необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка географическое или этническое, а не от прозвища или ремесла. Суффикс -ец в русских фамилиях чаще всего указывает на выходца из определённой местности (ср. Ростовец, Могилевец, Вологжанинов — хотя там суффикс иной). В данном случае основа «Пеперьян» почти наверняка связана с молдавским или румынским словом piper — «перец». В румынском языке есть прилагательное piperiu (перечный, острый), а фамилия Piperea или Piperianu встречается в Молдове и Румынии. Форма «Пеперьянец» — это русифицированный вариант, который мог возникнуть при переселении носителя фамилии на территории Российской империи, особенно в Бессарабии или на юге Украины.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В польском языке существует слово pieprz (перец) и фамилия Pieprzyca или Pieprzyk. Однако суффикс -ьянец нехарактерен для польской ономастики, зато типичен для украинских и белорусских фамилий, образованных от иностранных основ (сравните: Литвинец — от «литвин», то есть житель Великого княжества Литовского). Поэтому Пеперьянец — это, скорее всего, «выходец из семьи Пеперяну» или «человек, связанный с местом, где жили Пеперяны».

Что касается значения прозвища-основы, то вряд ли предок был напрямую связан с торговлей перцем. Чаще такие фамилии давали по внешним или характерологическим чертам: смуглый человек, острый на язык, вспыльчивый — «перечный» по нраву. В Молдове фамилия Piper и её производные известны с XVII века, и там она могла означать как прозвище, так и прозвание по отцу.

Таким образом, фамилия Пеперьянец — это относительно поздняя (XIX — начало XX века) русифицированная форма молдавской или румынской фамилии, корень которой восходит к слову «перец». Носители этой фамилии, вероятно, происходят из Бессарабии, Буковины или соседних областей Украины, где было сильно румынское влияние. В современной России фамилия встречается единично, что подтверждает её узкорегиональное и миграционное происхождение.