Фамилия Пепитаев звучит редко и неочевидно, но её происхождение укладывается в простую и типичную для русского ономастикона модель. Это отчество, образованное от прозвища или имени Пепитай. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Пепитаев буквально означает «сын Пепитая».

Корень фамилии — Пепит(ай) — скорее всего, восходит к просторечной или диалектной форме канонического имени. Самое вероятное объяснение: Пепитай — это народный вариант крестильного имени Феопемпт (др.-греч. Theopemptos — «посланный Богом»). В русской традиции длинные греческие имена часто усекали и переделывали до неузнаваемости: Феопемпт превращался в Фепет, Пепет, а затем и в Пепитай. Такая трансформация типична для имён, которые редко звучали в быту и подвергались сильному искажению на слух.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «пепит» или «пепет». В некоторых южнорусских говорах так могли называть маленького, щуплого человека или, наоборот, капризного, изнеженного (от «пепелить» — нянчиться, возиться). Однако в отличие от имени Феопемпт, эта версия не подкрепляется известными антропонимическими параллелями, поэтому версия с каноническим именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Пепитаев редкая, встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье. Сословно — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не позднее XVIII века, когда у русских крестьян окончательно закрепилась модель образования фамилий через суффиксы -ов/-ев от отцовского имени или прозвища. Носители фамилии, скорее всего, были потомками человека по прозвищу Пепитай — возможно, того самого Феопемпта, чьё имя было переосмыслено в быту до короткого и удобного прозвания.