Фамилия Перечкина — женская форма, но её происхождение разбирают по мужскому варианту Перечкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Перечка. Это уменьшительная форма от слова «перец»: так в старину могли назвать человека с острым языком, вспыльчивым нравом или смуглой кожей. Прямых указаний на торговлю пряностями нет — прозвище скорее описывало характер или внешность, чем род занятий.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Перечкин, то есть сын Перечки). Такие фамилии обычно возникали в среде крестьян и посадских людей, где прозвища давали по бытовым признакам. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных форм имён или профессий, -ин характерен для основ на -а/-я. Перечка — как раз такой случай.

Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда». Встречается в центральных и северных областях России, но единичными записями. В дореволюционных метрических книгах Перечкины изредка попадаются в Тверской и Ярославской губерниях — это регионы, где любили уменьшительные прозвища с суффиксом -к-.

Есть соблазн связать фамилию с диалектным словом «перечка» — так в некоторых говорах называли перекладину или поперечную балку. Но эта версия слабее: прозвища по названиям частей строений редки, а «перец» как основа встречается в фамилиях чаще (Перцев, Перец, Перечкин). Поэтому версия с прозвищем от «перца» — основная.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде ПеречкИн или ПеречкОв. Двойная буква «ч» — результат стечения корня и суффикса (перец + к(а) = перечка), ничего необычного. В современных базах Перечкина — одна из тех фамилий, что сохранилась скорее в женской форме, поскольку мужская (Перечкин) встречается ещё реже.