Фамилия Перегинец — редкий случай, когда географическое прозвище попало в официальную фамилию почти без изменений. Её основа — «перегин» или «перегон». В русских говорах «перегин» означал перегон скота, место, где скот перегоняли через границу или на пастбище. Но куда правдоподобнее, что прозвище Перегинец давали человеку, который жил за «перегином» — то есть за изгибом реки, за крутым поворотом дороги или за перевалом. В украинских и белорусских диалектах «перегин» — ещё и склон, крутой спуск. Так что предок мог быть тем, чей дом стоял «на перегине» — на краю оврага или у обрыва.

Суффикс -ец в этой фамилии — типичный для прозвищ, указывающих на место жительства. Сравните: Верховинец (житель верховья), Запорожец (живущий за порогами), Донец (с Дона). Перегинец — «тот, кто с перегина», с определённого урочища. Модель образования старая, но сама фамилия не из древних: в документах XVII–XVIII веков она почти не встречается. Скорее всего, она оформилась уже в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам или по названиям хуторов.

Есть и другая версия: от глагола «перегнать» — перегонять скот, возить товары. Тогда Перегинец — погонщик, возчик, который занимался перегоном. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ец в значении деятеля («кузнец», «гребец») здесь нехарактерен, а прозвища на -ец обычно не образуют от глаголов движения.

Однокоренных фамилий немного: Перегин, Перегинский, Перегонец. Все они редки и тяготеют к западнорусским и украинским землям — к Черниговщине, Гомельщине, Волыни. В переписях XIX века фамилия Перегинец встречается в Киевской и Подольской губерниях, но не массово. Сословно — почти всегда крестьяне или однодворцы. Ни дворянских родов, ни известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Переги́нец. В разговорной речи возможен вариант с ударением на «е» — Пе́регинец, но это уже влияние местных говоров.