Фамилия Перхрест — редкий случай, когда основа не угадывается с ходу, а написание заставляет задуматься. Первая мысль: не ошибка ли, не перекрест ли? Но нет, это самостоятельная фамилия, и её разбор требует внимания к диалектам.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Перхрест, которое возникло из глагола «перехрестить» или существительного «перехрест» — так в южнорусских и украинских говорах называли крещёного еврея или человека, перешедшего из другой веры (от «хрест» — крест). В этом случае фамилия указывала на вероисповедальный статус предка. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «перехрёст» — перекрёсток, то есть прозвище человека, жившего на перепутье. Однако форма Перхрест (с «е» в корне и без буквы «ё») тяготеет именно к южнорусской и украинской традиции произношения.

Суффикс «-ов» и «-ев» в фамилии отсутствует — Перхрест стоит в чистой, бессуффиксной форме. Такие фамилии (Коваль, Гончар, Перхрест) типичны для украинской ономастики, где прозвище не обрастало дополнительным окончанием. В русской традиции это же прозвище дало бы фамилию Перхрестов. Написание Перхрест (через «е», а не «ё») — ещё один маркер, что фамилия, скорее всего, записана по южнорусским или малороссийским документам.

Географически фамилия встречается в основном на юге России и востоке Украины, особенно в бывших землях Слобожанщины (Харьковская, Сумская, Белгородская области). Там в XVIII–XIX веках оседали выходцы из Правобережья, и прозвища, связанные с религиозными переходами, были нередки. Родственные фамилии — Перехрестов, Перехрест, Перхрестов — встречаются чаще, но именно форма Перхрест сохранила первоначальное произношение без «ёканья».

Версия о том, что фамилия происходит от «перехрёст» в значении «человек, который ходит крест-накрест» (например, косой или хромой), менее состоятельна: для такого прозвища в русских говорах есть слово «перекрёсток» или «кривуля», а «перехрест» устойчиво связано именно с крещением. Поэтому наиболее правдоподобное объяснение: предок носителя фамилии был либо крещёным иноверцем, либо потомком такого человека, и прозвище закрепилось как родовое имя.