Фамилия Пермухаметов — редкий пример, где имя-основа переплетается с непривычным для русского уха компонентом. В её основе лежит арабское имя Пермухамет (или Бермухамет), которое, в свою очередь, представляет собой вариацию имени Мухаммед с добавлением тюркского элемента «бер» (بـر) — «дай» или «дающий». Таким образом, имя-основа буквально означает «дающий Мухаммед» или «дар Мухаммеда». Этот тип сложных имён (с компонентом «бер») характерен для тюрко-татарской и башкирской антропонимии, где родители, давая такое имя, просили у пророка благословения или посвящали ему ребёнка.

Фамилию образовали по стандартной русской патронимической модели: к основе Пермухамет прибавили суффикс -ов (вариант -ев после мягкого согласного, хотя в данном случае пишется -ов). В русском языке фамилии на -ов/-ев исторически отвечали на вопрос «чей?» и указывали на принадлежность отцу. Пермухаметов, следовательно, — «сын Пермухамета». Суффикс закрепился в фамилии в ходе русификации документов, когда в XVIII–XIX веках оседлое мусульманское население Поволжья и Приуралья получало фиксированные фамилии по отцу.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану и Татарстану, а также к прилегающим областям (Оренбургская, Челябинская). Встречаемость очень низкая: по открытым данным, в России насчитывается не более нескольких сотен носителей. Это объясняется как редкостью самого исходного имени, так и тем, что форма Пермухамет — не основной вариант; чаще встречаются Бермухаметов или Бирмухаметов (с начальным «б»). Чередование «б/п» в начале слова — типичная черта тюркских диалектов и особенность записи в русских метрических книгах: писарь мог записать звук на слух, как «п», если слышал оглушение.

С точки зрения социального контекста, фамилия не даёт прямых указаний на сословие предков. В среде башкир и татар фамилии на -ов/-ев носили как крестьяне, так и муллы, торговцы или военные. Единственное, что можно предположить с высокой долей уверенности: предок носителя фамилии был мусульманином и получил имя в честь пророка Мухаммеда, а сама фамилия оформилась не ранее середины XVIII века, когда начался массовый учёт населения в Уфимской и Оренбургской губерниях.