Фамилия Перпендикулярова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не географическое название, а учебный термин. Корень — «перпендикуляр» (от лат. perpendiculum — отвес, прямая линия, падающая под прямым углом). Такая фамилия могла появиться только в искусственной, книжной среде, а не в крестьянском быту.

Скорее всего, фамилию давали в духовных семинариях. В XVIII–XIX веках будущим священникам и дьякам при поступлении часто меняли бытовые фамилии на более благозвучные или «учёные» — на латинский или греческий манер. Перпендикуляров (а женская форма Перпендикулярова — от отца или мужа) мог получить семинарист, который хорошо знал геометрию или отличался прямым, несгибаемым нравом — прозвище «Перпендикуляр» в училищной среде означало «прямой человек», «упрямец».

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища на твёрдый согласный. Важно, что фамилия не могла возникнуть в народной среде стихийно — крестьяне или мещане не называли бы друг друга математическим термином. Это стопроцентно «семинарская» фамилия, как Троицкий, Рождественский или, например, Астрономов. Встречаемость Перпендикуляровых крайне низкая, и почти все носители, скорее всего, потомки выходцев из духовного сословия, получивших фамилию при обучении в епархиальном училище или академии.