Фамилия Перпенунова — редкий случай, когда основа не очевидна даже для носителя языка. В ней нет ни привычного ремесла, ни отчества от крестильного имени. Ключ к разгадке — суффикс -ун-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвище по действию или характерному признаку. Сравните: Болтунов (болтун), Говорун, Ворчун. Основа «перпен» — скорее всего, искажённое или диалектное слово, связанное с глаголом «перпеть» или «перпнуть». В некоторых южнорусских и украинских говорах «перпнути» означает «ударить», «стукнуть», «лягнуть». Соответственно, Перпенун — человек, который «перпенул», то есть ударил, толкнул, или же получил такое прозвище за резкие, порывистые движения.

Вторая версия, менее вероятная, но любопытная: основа могла восходить к церковнославянскому или латинскому корню через семинарскую среду. Латинское «perpetuus» — «непрерывный», «постоянный». В духовных училищах будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских слов. «Перпенунов» могло быть переделкой от «Перпетуев» (от Perpetuus) — с заменой суффикса на более простонародный -ун-. Однако для этой гипотезы нет прямых подтверждений, и фамилия выглядит слишком бытовой для семинарского происхождения.

Фамилия Перпенунова — женская форма, мужская — Перпенунов. По модели образования она принадлежит к типично русским «патронимическим» фамилиям на -ов, но с неканонической, прозвищной основой. Географически фамилия крайне редкая, в современных базах данных встречается единично, в основном на юге России и в Поволжье. Это говорит о том, что род был немногочисленным и, возможно, локальным.

Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком с заметной чертой характера — резким, порывистым, или же получил прозвище за конкретный случай «перпенутия» (удара, толчка). В крестьянской среде такие прозвища давали метко и на века. Фамилия не утратила своей внутренней динамики: она звучит как краткое действие, застывшее в родовом имени.