Фамилия Перуанская — редкий случай, когда географическое название в основе не требует долгих разысканий. Она прямо указывает на связь с далёкой южноамериканской страной — Перу. Но, конечно, не стоит думать, что предки носительницы этой фамилии были инками или испанскими конкистадорами. В русской традиции такие «экзотические» фамилии чаще всего возникали в духовном сословии.

Семинаристы, получая фамилию при поступлении, нередко брали звучные имена в честь библейских земель, античных городов или, реже, — известных стран и регионов. «Перуанский» мог стать фамилией ученика, который отличился в географии или просто получил её от наставника по принципу «красиво и необычно». Суффикс -ск- типичен для фамилий польского и западнорусского происхождения, но в среде русского духовенства он стал общеупотребительным: он придавал фамилии «благородное», книжное звучание. Мужской вариант — Перуанский.

Вторая, более редкая версия — происхождение от прозвища. «Перуанцем» или «перуанкой» в просторечии могли называть человека, побывавшего в дальних краях, носившего яркую одежду или имевшего смуглую кожу. Однако эта гипотеза менее убедительна: для прозвищ такого рода в России чаще использовали более привычные турецкие или кавказские названия. Фамилия Перуанская — почти наверняка «семинарская», искусственная, и её появление — следствие книжной образованности XVIII–XIX веков, когда русские священники и их дети получали фамилии, звучавшие как титулы или названия далёких земель.