Фамилия Перункова — женская форма фамилии Перунков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Перунко, которое образовано от имени славянского бога-громовержца Перуна. Такие «языческие» имена (Перун, Перунко) встречались в древнерусской среде до XV–XVI веков, пока церковь окончательно не вытеснила их из обихода. В отличие от распространённых «охранных» имён-оберегов (Некрас, Нелюб), имя Перунко, скорее всего, давали ребёнку в честь божества, желая ему силы, мужества и покровительства.

Суффикс -к- в основе Перунко указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму. То есть полное имя звучало как Перун, а в быту человека звали Перунко — примерно как Иван превращается в Ваньку, а Пётр — в Петьку. Фамилии на -ов/-ев, как Перунков, образовывались по стандартной модели: Перунко → сын Перунка → Перунков. Такая схема характерна для центральных и северных русских земель.

Интересная деталь: фамилия Перунков (и её женская форма) — редкая. Она почти не встречается в массовых списках русских фамилий, что может говорить о локальном бытовании. Возможно, предки носителей жили в местности, где сохранялась память о дохристианских культах, или же прозвище Перунко было дано конкретному человеку за громкий голос, вспыльчивый нрав или высокий рост — в народе такие качества часто связывали с громовержцем.

Сравните с однокоренными фамилиями: Перунов (от полной формы имени), Перуновский (от прозвища на -ский, характерного для польской или украинской традиции). Перункова стоит особняком — суффикс -к- делает её более «домашней», деревенской, нежели книжные варианты на -ов. Если ваши предки носили эту фамилию, они, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии «от языческих имён» редко попадали в родословные книги знати.