Фамилия Пецкелюн — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Корень «Пец-» и характерный суффикс «-юн» указывают на западную, скорее всего, прусскую или нижненемецкую основу. В немецком языке «Petz» — это медведь, а также уменьшительное от имени Петер. Суффикс «-юн» нехарактерен для славянских языков, зато встречается в балтских и германских фамилиях, образованных от прозвищ.

Скорее всего, перед нами онемеченная фамилия выходца из Восточной Пруссии или Прибалтики. Первоначальная форма могла звучать как Petzel или Petzke, а окончание «-юн» — это либо литовский суффикс принадлежности (-iūnas), либо диалектный немецкий вариант, обозначающий «сын» или «маленький». В любом случае, основа — прозвище человека, похожего на медведя, либо потомка некоего Петца (Петера). Фамилия могла попасть в Россию вместе с переселенцами-немцами или с обрусевшими балтийскими немцами.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — от литовского слова «peckėti» (колоть, тыкать). Тогда Пецкелюн — прозвище колкого, язвительного человека. Однако эта версия слабее, потому что суффикс «-юн» в литовском языке обычно образует фамилии именно от имен, а не от глаголов.

Написание фамилии с «ё» или «е» после «к» — поздняя русская адаптация. В оригинале, скорее всего, была буква «ё» или дифтонг, который на русской почве упростился. Сословно фамилия не элитарная: такие прозвища давали крестьянам, ремесленникам или мелким торговцам. Дворянских гербов с таким корнем не зафиксировано. В современной России фамилия встречается единично, в основном в регионах, куда в XIX веке переселяли немцев (Поволжье, Сибирь, Санкт-Петербургская губерния).