Фамилия Пфайфиль — одна из тех, что сразу выдают немецкое или австрийское происхождение носителя. В русском языке она сохранила оригинальное звучание и написание, не обрусев до формы вроде «Пфайфель» или «Файфиль», что говорит о позднем появлении в России или о сознательном сохранении фамилии в первоначальном виде.

В основе лежит немецкое слово Pfeife — «дудка», «свисток», «трубка». Суффикс -il — уменьшительный, характерный для южнонемецких и австрийских диалектов. Таким образом, Пфайфиль буквально означает «дудочка» или «свистулька». Это типичная фамилия-прозвище по роду занятий: Пфайфилем могли назвать музыканта, игравшего на флейте или свирели, либо мастера, делавшего духовые инструменты. В городах средневековой Германии такие прозвища нередко закреплялись за цеховыми музыкантами.

Менее распространённая версия связывает фамилию с глаголом pfeifen — «свистеть», «насвистывать». В этом случае прозвище мог получить человек с привычкой постоянно свистеть, либо, в переносном смысле, тот, кто «свистит в кулак» — бедняк, не имеющий ничего.

В России фамилия встречается крайне редко. Её носители — в основном потомки немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в Поволжье, или специалистов, работавших в Российской империи в XIX веке. В некоторых семьях написание могло варьироваться: Пфайфель, Файфель, но форма Пфайфиль характерна для более точной передачи южнонемецкого произношения.

С точки зрения словообразования, фамилия не типична для славянской среды: она не имеет ни русского суффикса (-ов, -ин), ни окончания, и стоит в «чистом» виде. Это делает её легко опознаваемой и указывает на то, что предки не смешивались с местным населением вплоть до XX века.