Фамилия Пфереришышкинский — случай, когда редкая звуковая оболочка почти наверняка скрывает искусственное или книжное происхождение. В реальной крестьянской или дворянской среде XIX века такую фамилию образовать было почти невозможно: слишком длинная основа, нехарактерное для восточнославянской ономастики сочетание «пф» в начале и нагромождение суффиксов.

Скорее всего, перед нами поздняя, возможно, семинарская или гимназическая фамилия. В духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от латинских, греческих или искусственных корней. Первая часть «Пферери» может восходить к немецкому Pfarrer — «пастор, священник» (через искажение или переосмысление). Вторая часть — «шышкинский» — явно отсылает к фамилии Шишкин или топониму Шишкино, но вставленная между ними соединительная гласная «и» выглядит как попытка склеить два разных слова в одно. Получается что-то вроде «пасторо-шишкинский» — возможно, прозвище ученика, который был сыном пастора и выходцем из местности Шишкино, или просто шуточное образование.

Фамилия оканчивается на -ский — это типичный семинарский суффиксальный формант, указывающий на принадлежность к месту или сословию, но здесь он добавлен к уже сложной основе. Такие «многоэтажные» фамилии в XIX веке иногда придумывали нарочито длинными, чтобы выделить ученика или подшутить.

Географически фамилия могла бытовать только в единичных семьях, скорее всего, на западе Российской империи (где было сильнее немецкое влияние и лютеранские общины) или в крупных городах с духовными академиями. В современных базах данных и телефонных справочниках она практически не встречается — это почти наверняка вымершая или исчезнувшая при смене паспортов фамилия.

Правдоподобнее всего версия о семинарском происхождении от немецкого Pfarrer: она объясняет и необычное начало, и искусственное удлинение, и суффикс -ский. Если же считать фамилию исконно русской, придётся признать, что основа «пферери» не имеет внятной этимологии в славянских языках, а значит, это либо заимствование, либо кабинетное изобретение.