Фамилия Пидифоров — редкая и неочевидная. На первый взгляд в ней слышится что-то иноязычное, но разбор по частям показывает типично русскую словообразовательную модель: основа Пидифор- плюс патронимический суффикс -ов. Это значит, что перед нами отчество, образованное от личного имени или прозвища Пидифор.

Самая прямая версия — искажённая форма крестильного имени Питирим. В народной речи сложные греческие имена часто упрощались: Питирим мог превратиться в Питифор, а затем, под влиянием аканья (произношения «а» вместо «о» в безударной позиции), в Пидифор. Подтверждением служит то, что имя Питирим (от греческого «питирион» — «источник») было известно на Руси, особенно в Пермском крае, где его прославил святой Питирим, епископ Великопермский. В таком случае предок носителя фамилии был крещён этим именем, а в быту его звали Питифором или Пидифором.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с греческим словом «питис» (сосна) или «питирон» (отруби). В этом случае Пидифор могло быть прозвищем человека, жившего у соснового бора или занимавшегося переработкой зерна. Однако отсутствие следов такого прозвища в исторических документах делает эту гипотезу слабой.

Обращает на себя внимание суффикс -ов, а не -ин. Это указывает, что имя или прозвище отца оканчивалось на твёрдый согласный: Пидифор, а не Пидифора. Фамилия недвусмысленно говорит о патриархальном укладе: сына, внука или правнука Пидифора записали как Пидифоровых.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где аканье и переосмысление редких имён были особенно распространены. Встречается она крайне редко, что объяснимо: имя Питирим никогда не было частотным, а его народная форма Пидифор и вовсе осталась локальным вариантом. Таким образом, носитель фамилии Пидифоров почти наверняка ведёт род от человека, которого в церкви нарекли Питиримом, а в миру звали сокращённо и по-свойски — Пидифор.