Фамилия Пидоненко образована по типичной для украинских фамилий модели: к основе Пидон- добавили патронимический суффикс -енко, который первоначально означал «сын» или «потомок». То есть Пидоненко — буквально «сын Пидо́на». Сама основа, прозвище Пидон, имеет несколько версий происхождения, и все они уходят корнями в украинскую лексику.

Наиболее убедительная версия связывает прозвище с украинским словом «пiд» — «под». В говорах так называли низинное, болотистое место, а также дно в доменной печи или, в некоторых регионах, чердак. Отсюда и развилка в толковании: основатель рода мог жить в низине у болота, а мог работать кочегаром или плавильщиком, обслуживающим печь. Обе трактовки равноправны, но первая, географическая, встречается чаще — прозвища по месту жительства давали охотнее, чем по редкой профессии.

Вторая, менее распространенная гипотеза выводит прозвище из слова «пiдчинка» — так на Украине называли оборку на рубашке. Если верить этой версии, Пидоном могли прозвать щеголя, любителя модной одежды, чья рубаха выделялась пышной отделкой. Гипотеза слабее первой: прозвище от детали одежды обычно требует дополнительного контекста, например, насмешки, а без него закрепляется хуже, чем меткая характеристика места или занятия.

Прозвище Пидон, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его и в быту, и в официальных документах. Так и закрепилась фамилия Пидоненко, которая сегодня не несет никакого негативного оттенка, а лишь хранит память о прозвище далекого предка — жителя низины, мастера у печи или, что менее вероятно, местного модника.