Фамилия Пигуьский — редкий случай, где написание сразу бросается в глаза. Мягкий знак после «г» в сочетании «гуь» нехарактерен для русской орфографии фамилий. Скорее всего, перед нами искажение при записи или транслитерация с другого языка. Вероятнее всего, правильная исходная форма — Пигуский или Пигунский, а мягкий знак появился из-за того, что носитель или писарь пытались передать мягкое произношение согласного (как в украинском или белорусском произношении).

Основа фамилии — «пигу», «пигун» или «пигус». Самый прямой путь — к диалектному слову «пига» или «пигус», которое в южнорусских и украинских говорах означало маленькую птицу, пташку, иногда синицу или птенца. В этом случае прозвище Пигус или Пигунь давали невысокому, щуплому или подвижному человеку — по аналогии с воробьём или пташкой. Суффикс -ский (или -ьский) указывает на дворянский или шляхетский тип образования, но в реальности мог принадлежать и мещанину, и крестьянину, переселившемуся из другого места: «из рода Пигусов» или «из села Пигуси».

Менее вероятная, но возможная версия — от географического названия. В Польше и на западе Беларуси встречаются топонимы вроде Пигуты, Пигутово или Пигуска. В таком случае фамилия Пигуьский — это указание на выходца из такого места, адаптированное под русское окончание.

Словообразовательная модель проста: корень «пигу-» плюс суффикс -ск- и окончание -ий. Мягкий знак в середине — орфографический курьёз, который не меняет этимологии. Если искать однокоренные фамилии, то это Пигунов, Пигулев, Пигусов — все они восходят к тому же прозвищу от названия птицы.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России, Украине и Беларуси. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для локальной генеалогии: предки почти наверняка жили в одном из сёл Черниговщины, Гродненщины или Подолья, откуда и разошлись носители.