Фамилия Пилипенченко — один из тех редких случаев, когда украинская словообразовательная модель накладывается на двойную уменьшительную форму. Если разбирать её по косточкам, то перед нами «сын Пилипеньки», где Пилипенька — это просторечный украинский вариант имени Филипп. Так что цепочка получается длинной: древнегреческое имя → украинское просторечие → уменьшительная форма → фамильный суффикс.

Само имя Филипп пришло к нам из древнегреческого, где означало «любитель лошадей» или «любитель верховой езды». В народной украинской среде его переделали на свой лад — в Пилипа, а уже от него образовали ласкательное Пилипенька. Такая двойная уменьшительность — характерная черта украинской ономастики: суффикс -енк- в фамилиях указывает на отчество, а предшествующая ему основа уже сама по себе была уменьшительной.

Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия. Фамилии с суффиксом -енко в массе своей появлялись в крестьянской и казацкой среде, где сына часто называли не по полному имени отца, а по его домашнему, обиходному прозвищу. Пилипенченко буквально понималось как «сын Пилипеньки» — то есть сын того, кого дома звали ласково Пилипенькой, а не строго Филиппом.

Любопытно, что в написании фамилии встречается вариант с буквой «е» в первом слоге — Пелепенченко, — но он вторичен и возник под влиянием акающего произношения. Изначальная же форма сохраняет корень «Пилип-», который прямо отсылает к украинскому имени. Родственные фамилии — Пилипенко, Пилипчук, Пилипейко — построены по той же модели, но Пилипенченко выделяется именно сдвоенным суффиксом, что делает её более поздней по времени возникновения и более «домашней» по происхождению.