Фамилия Пилотконюх — яркий пример редкой двусоставной фамилии, где обе части сохраняют самостоятельное лексическое значение. Слово «пилот» в русском языке закрепилось относительно поздно (с начала XX века), а «конюх» — древнее, известное с допетровских времен. Такое сочетание сразу указывает на то, что фамилия не могла возникнуть раньше эпохи авиации. Скорее всего, её дали человеку, который совмещал две неожиданные профессии: был и лётчиком, и конюхом, либо работал в авиации, но имел прозвище, связанное с лошадьми.

Словообразовательная модель здесь простая: основа сложена из двух существительных без соединительной гласной (редкий для фамилий случай, чаще встречается в прозвищах). Окончание нулевое, что типично для прозвищной формы, которая потом закрепилась как фамилия. В отличие от фамилий на -ов, -ин, эта не указывает на принадлежность «чьему-то сыну» (Пилотконюхов), а прямо называет человека по его занятию или особенности. В русской ономастике такие «чистые» прозвищные фамилии встречаются, но обычно они короче (Сорока, Кузнец), а длинные составные — большая редкость.

Географически фамилия, скорее всего, привязана к регионам, где авиация развивалась рано и одновременно с сельским хозяйством: юг России, казачьи области, Сибирь. В дореволюционных списках её не найти, потому что «пилот» тогда ещё не был массовой профессией. Первые носители могли появиться в 1920–1930-е годы, когда лётчиков из крестьянских семей было много, и прозвище «Пилот-конюх» могло быть ироничным или уважительным — человек, одинаково ловко управляющийся с самолётом и с лошадью.

Споров о происхождении почти нет: альтернативная версия, что «пилот» здесь от французского «pilote» (лоцман) или от греческого «пилот» (весло), маловероятна — в русской бытовой среде слово «пилот» ассоциировалось именно с лётчиком, а не с мореплаванием. Так что фамилия — живое свидетельство эпохи, когда технический прогресс встретился с деревенским укладом.